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  每小时能处理一缸水量的蛋白质分离器是最小的需求，只能用在饲养对有机物有高需求的缸子每小时处理两倍水量的蛋白质分离器可以使水质较为清澈，明显的降低有机物，对溶氧率有一些提昇用每小时处理三倍水量的蛋白质分离器可以在活石及其他生物过滤之前把有机物去除以减少硝酸盐的产生。溶氧大为增加，水质更清澈，因磷酸盐被泸掉，减少令人不快的低等藻类。

  每小时能处理四倍水量的蛋白质分离器被认为是最理想的比率，包括多数软珊瑚，SPS，和大型鱼。我们叫做超高流量，它可以快速的去除有机废物，减少硝酸盐的产生。很有效的增加溶氧，降低夜间二氧化碳的增加，稳定PH值。好的磷酸盐去除能力，控制了低等藻类的生长。大量的水流也提昇了机械过滤的效率。缸中的水质会非常的安定。

  每小时能处理五倍水量是最理想的纯养鱼及低有机物需求的珊瑚的蛋白质分离器水看来清澈闪亮，是因为有非常高的溶氧率。讨厌的低等藻类完全不存在，尤其是有维持适当的Ca及KH(对好看的纯养鱼缸也很重要)。磷酸盐去除能力很高。水质非常的稳定。低PH的变化。机械过滤在此是不必要的，甚至有可能因为没有仔细维护而降低水质。

  用每小时处理六倍水量似乎是极限，蛋白质分离器只能对水质有些微的再改善。这样的流量是为了有大量鱼只的缸子，鱼喜欢高溶氧，愈乾净愈好。同样的需求也适用於SPS。极少的有机物，非常高的溶氧。低等藻类在缸中消失。至此，蛋白质分离器完全控制了缸子的水质。机械过滤是完全不必要的，甚至会降低水质。水看来非常的清澈闪亮。请不要用在饲养需要有机物的软珊瑚缸中。请注意，如果缸中有各种不一样的需求的珊瑚，有机物就必需要多到能满足所有的物种。这是为何软珊瑚缸与SPS缸的设置不同。如此才能做出与其生长的自然环境类似的有机生态。

  计算蛋白质分离器的解决能力用一个5公升的桶子(大一点比较准)，计算蛋白质分离器出水装满桶子所需的时间(蛋白质分离器在正常运作)桶子的容量(公升)/装满所需的时间(秒)x360=蛋白质分离器的解决能力L/H(每小时升)

  一旦有了缸子的水量及蛋白质分离器的解决能力，就可以算出其倍数。请注意，不同的马达或改变设置的位置都会改变蛋白质分离器的解决能力。做个简单的测试即可得到新的解决能力L/H值。在蛋白质分离器可以轻松又有效运作的状况下的流量改变称之为蛋白质分离器的ProcessingRange(处理范围)。

  蛋白质分离器的效率是指多少被处理的水量需要多大的马达。你需要马达制造商所提供在4英尺高的出水量及蛋白质分离器的处理量。所有试的马达必需在相同的设置下。大部份的蛋白质分离器都在20%到85%(15%的消耗)之间，愈高愈有效率。请选用耗电量较低的马达同时也会对水温有较少的影响。